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Prácticamente todos los experimentos de Mengele carecían de valor científico, pero fueron financiados por el gobierno nazi. Incluyeron, por ejemplo, intentos de cambiar el color de los ojos mediante la inyección de sustancias químicas en los ojos de niños, amputaciones diversas y otras cirugías brutales y, documentado al menos en una ocasión, un intento de crear siameses artificialmente mediante la unión de venas de hermanos gemelos (la operación fue un fracaso y el único resultado fue que las manos de los niños se infectaron gravemente).5 Las personas objeto de los experimentos de Mengele, en caso de sobrevivir al experimento, fueron casi siempre asesinados para su posterior disección.
Mengele extraía los ojos a sus víctimas y los colocaba en una pared como un muestrario de las variedades heterocromas que existían. Intentó también por la vía química cambiar el color de pelo de los internos mediante la aplicación de dolorosas inyecciones subcutáneas y en algunos casos realizó castraciones y experimentos en la médula espinal dejando paralizados a los intervenidos

